算法开发 | 从空间解析转录组学推断等位基因特异性拷贝数异常和肿瘤系统地理学

文章预览

Basic Information 英文标题： Inferring allele-specific copy number aberrations and tumor phylogeography from spatially resolved transcriptomics 中文标题：从空间解析转录组学推断等位基因特异性拷贝数异常和肿瘤系统地理学 发表日期：30 October 2024 文章类型：Article 所属期刊：Nature Methods 文章作者：Cong Ma | Benjamin J. Raphael 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41592-024-02438-9 Abstract Para_01 在肿瘤内随时间和空间分析体细胞进化是癌症研究中的一个关键挑战。 空间解析转录组学（SRT）在肿瘤中的数千个空间位置测量基因表达，但不会直接揭示基因组异常。 我们引入了CalicoST算法，该算法可以从SRT数据中同时推断等位基因特异性拷贝数异常（CNAs）并重建肿瘤的空间进化，或称地理遗传学。 CalicoST识别出重要的CNA类别——包括中性杂合性丢失和镜像亚克隆CNAs——这些是总拷贝数分析无 ………………………………