Nat Commun | 通过整合细胞形态学和空间转录组学深度剖析肿瘤生态系统

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导语 空间转录组技术的进展为研究肿瘤微环境中的细胞互作提供了重要见解。该技术产生的数据不仅包含组织的空间基因表达，也涵盖了病理切片信息（H image）。目前，许多分析工具都在探索这些数据，主要用于细胞解卷（cell deconvolution）和聚类（clustering）。然而，现有的工具大多只考虑基因表达信息，却忽略了图像中的细胞形态特征。特别是在mRNA捕获率不一的区域，仅依赖基因表达分析难以准确识别不同的区域和细胞类型，从而影响分析的准确性。因此，结合病理切片上的细胞形态学特征与空间基因表达数据，可以更精确地识别肿瘤微环境中的不同区域和细胞类型。 2024年8月25日，埃默里大学（Emory University）的胡健团队与得克萨斯大学MD Anderson肿瘤医院的王凌华团队在 Nature Communications 上发表论文 METI: Deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell ………………………………