文章预览
学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习复现《Oxidative Stress Response Biomarkers of Ovarian Cancer Based on Single-Cell and Bulk RNA Sequencing》（基于单细胞和Bulk转录组的卵巢癌氧化应激反应生物标志物）一文中的图，其中Oxidative Stress Response缩写为ROS。文章包含了芯片、转录组、单细胞等技术，适合用来复现及学习 八、突变频谱、免疫浸润、gsva 1.maftools 1.1突变频谱图 rm(list = ls()) load( "../6.model/lasso_model.Rdata" ) load( "../6.model/rsurv.Rdata" ) # TCGAmutations包整合了TCGA中全部样本的maf文件，所以数据就来源这个R包，tcga_load()会给出一个maf文件 # devtools::install_github(repo = "PoisonAlien/TCGAmutations") library(TCGAmutations) library(tidyverse) maf = tcga_load( "OV" ) 简单查看maf，其中data为主要，clinical.data是临床信息，其余为补充信息 图83 再来看一下主体data的内容，如图84所示 图84 dim(
………………………………
