Nat. Methods | 单细胞蛋白生物学的上下文AI模型

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DRUG AI 今天为大家介绍的是来自Marinka Zitnik团队的一篇论文。理解蛋白质功能和开发分子疗法需要解析蛋白质作用的细胞类型以及蛋白质之间的相互作用。然而，在不同生物学背景下建模蛋白质相互作用对现有算法来说仍然是个挑战。本文介绍了PINNACLE，一种几何深度学习方法，它生成上下文感知的蛋白质表示。利用多器官单细胞图谱，PINNACLE在上下文化的蛋白质相互作用网络上学习，生成394,760个蛋白质表示，这些表示来自24种组织的156种细胞类型背景。PINNACLE的嵌入空间反映了细胞和组织的组织结构，使得组织层次结构的零样本检索成为可能。预训练的蛋白质表示可以适应下游任务：例如，通过增强基于三维结构的表示来解析免疫肿瘤学的蛋白质相互作用，以及研究药物在不同细胞类型中的效果。PINNACLE在推荐类风湿性关节炎和炎症性肠病的治疗靶 ………………………………