不同格式的单细胞测序数据读取(多样本)

文章预览

不同格式的单细胞测序数据读取 这里记录下不同格式的单细胞测序数据读写，存在5种常见的单细胞测序数据。 （hhh是小谢直播分享的内容耶！开心！） 读写过程中需要将一个GSE数据集中 多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象 1 10X标准格式 1.1 10X数据读取 #清空环境 加载需要的R包 rm(list=ls()) options(stringsAsFactors =  F )  source ( './lib.R' ) ##10X标准格式 dir= 'GSE212975_10x/' samples=list.files( dir ) samples  sceList = lapply(samples, function (pro){     # pro=samples[1]    print(pro)     tmp = Read10X(file.path(dir,pro ))     if (length(tmp)== 2 ){     ct = tmp[[ 1 ]]    } else {ct = tmp}   sce =CreateSeuratObject(counts =  ct ,                           project =  pro  ,                           min.cells =  5 ,                           min.featu ………………………………