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这四川大学发的40.8分SCI文章,他做的是单细胞测序分析,让我看看深入分析能出来多少结果……

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2024-09-05 08:20

主要观点总结

本文主要介绍了四川大学华西医院马学磊团队通过单细胞测序技术对心脏粘液瘤的研究。文章详细阐述了单细胞测序的分析内容,包括心脏粘液瘤微环境中细胞的组成、信号通路的富集、免疫细胞的功能变化以及免疫细胞与肿瘤细胞的互作等。同时,文章还介绍了如何通过单细胞测序分析MC细胞的亚群以及微环境细胞的亚群等。

关键观点总结

关键观点1: 单细胞测序分析心脏粘液瘤微环境中细胞的组成

通过UMAP图和tSNE图对细胞亚群进行分簇,分析心脏粘液瘤微环境中各种细胞的组成。

关键观点2: 信号通路的富集分析

发现心脏粘液瘤中包括胰岛素样生长因子受体信号传导、Wnt信号通路、ERK/MAPK信号通路的富集,侧面分析了信号激活状态。

关键观点3: 免疫细胞的功能变化及与肿瘤细胞的互作

分析了心脏粘液瘤附近免疫细胞的变化,如CD206+巨噬细胞的增多和CD8+ T细胞的减少,并通过Cell Chat分析细胞间的互作。

关键观点4: 单细胞测序的验证试验

通过共培养验证单细胞测序结果,分析巨噬细胞与心脏黏液瘤细胞的表型,以及培养基中的配体存在情况。


文章预览

单细胞测序能分析出多少内容呢?其实就要看你们具体是如何分析的,如果深入分析,会得到很多结果。比如这篇四川大学华西医院马学磊团队在40.8分的STTT上的文章,这篇文章主要就是侧重于单细胞测序的分析。那么我们来看看,他们能把一个单细胞测序分析出什么样的结果来: 他们做的是心脏粘液瘤,这种肿瘤其实也不算常见。为了分析心脏黏液瘤具体的微环境中,各种细胞的组成,他们就进行了一次单细胞测序( 下面这种UMAP图和tSNE图类似,都是多维的PCA降维获得的,主要是对细胞亚群进行分簇,不清楚怎么看的话,可以去翻翻《夏老师带你读文献》和《列文虎克读文献》 ): 对于第一次的单细胞测序结果分析,他们整理了心脏粘液瘤的标志物,并且把这些标志物进行了富集。发现心肌粘液瘤中包括胰岛素样生长因子受体信号传导、Wnt信 ………………………………

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