百度PaddleHelix团队发布全新mRNA序列设计算法LinearDesign2，支持5' UTR和CDS的协同设计！

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撰文：Vergil 编辑：RNAScript 排版：三姐夫 合理的序列设计是获得具有所需特性mRNA的关键步骤。由于设计空间广阔以及序列和功能特性之间复杂的相互作用，通过序列设计改进mRNA特性存在重大挑战。现有的mRNA设计策略通常只专注于优化mRNA的单个区域，即非翻译区UTR或编码序列CDS，以寻求增强mRNA的特定特性。 Optimus 5 primer, Cao-RF和UTR-LM专注于5' UTR的优化，旨在提高翻译起始效率 （TIE） ；LinearDesign专注于CDS的设计，致力于优化翻译延伸效率 （TEE） 和序列稳定性。然而， 这些设计算法调节mRNA特性的能力有限，通常会受到 mRNA不同区域之间相互作用 的影响。 mRNA特性通常不仅由单个区域的序列决定，由不同区域的序列作为一个整体发挥作用。 例如，TIE受5' UTR和CDS序列的影响：5' UTR中的发夹结构、上游起始密码子和Kozak序列等特征都会影响 翻译的起始 。 ………………………………