蛋白结构和序列的联合设计🤔

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蛋白结构和序列的联合设计🤔 Protein co-design models 蛋白设计一直是充满挑战的课题。近期，蛋白结构和序列的联合设计 (co-design)，或者蛋白全原子 (All-Atom) 设计相关模型逐渐出来。于是本文旨在介绍，这类能够直接一步到位设计蛋白的算法或论文。 关键词 深度学习｜蛋白设计｜Co-design models 目录 背景介绍 相关工作 AlphaProteo Protein Generator Protpardelle Pallatom CarbonNovo ESM3 Multiflow DiffAB｜dyMEAN等 讨论总结 1. 背景介绍 1.1 蛋白设计的两阶段框架 蛋白设计一直是一个充满挑战的课题。无论是基于幻想，还是基于骨架的蛋白设计算法，但通常被拆分成了2步去完成蛋白设计任务 [ 2 ]。 P(structure|seq)·P(seq) 蛋白幻想（Hallucination）使用蒙特卡洛或基于梯度的优化技术探索 P(structure|seq) 空间。幻想产生了在 AF2 上看似有效的蛋白结构，但需要额外的 P(seq) 蛋白语言模型 ………………………………