​Nat Commun | 陈河兵/顾晋/伯晓晨等开发新方法用于系统评估染色质TAD层级结构识别算法

文章预览

哺乳动物细胞核内，DNA通过盘曲折叠形成复杂的空间三维结构。随着染色质构象捕获 （Hi-C） 技术的发展，细胞核内空间结构得以解析。拓扑关联结构域 （TAD） 是兆碱基尺度下的染色质结构单元。随着对胚胎发育、谱系分化和各种疾病的大量研究，TAD被发现是染色质折叠和基因调控的主要单位。TAD通过嵌套形成层级结构，对于维持生命活动具有关键作用。目前已有超过30种算法被开发用于识别TAD结构，其中21种算法可以识别TAD层级，但它们的算法原理和识别结果不一致，限制了对TAD层级结构的研究。 2024年5月23日，军事科学院军事医学研究院的 伯晓晨/陈河兵 实验室和北京大学首钢医院的 顾晋 实验室在 Nature Communications 上发表了题为 A comprehensive benchmarking with interpretation and operational guidance for the hierarchy of topologically associating domains 的文章。 研究团 ………………………………