J. Chem. Theory Comput. | 里程碑模拟在药物-靶点动力学中的进展与挑战

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DRUG AI 今天为大家介绍的是来自美国圣地亚哥加利福尼亚大学Rommie E. Amaro团队的一篇论文。分子动力学模拟在探索复杂的生物过程中已变得不可或缺，但其在捕捉罕见事件方面的局限性阻碍了作者对药物-靶点动力学的理解。在这篇观点文章中，作者研究了“里程碑模拟”（milestoning simulations）领域以理解这一挑战。里程碑（milestoning）方法将药物-靶点复合物的相空间划分为离散单元，从而提供了更长时间尺度的见解。本文追溯了里程碑模拟在药物-靶点动力学研究中的历史、应用和未来潜力。文章探讨了里程碑方法的基本原理，强调了概率转移和转移时间独立性的重要性。通过重新审视具有Voronoi镶嵌的马尔可夫里程碑方法来解决传统里程碑方法的挑战。在关注该领域进展的同时，本文也指出了通过里程碑模拟估计药物-靶点解离速率常数时面临的紧 ………………………………