Nat Immunol丨武汉大学缪小平/田剑波合作绘制了肿瘤微环境中细胞组成的遗传效应图谱

主要观点总结

本文介绍了武汉大学缪小平、田剑波等人在Nature Immunology上发表的研究，该研究绘制了肿瘤微环境中细胞组成的遗传效应图谱，分析了肿瘤微环境的组成对理解肿瘤发生和设计免疫疗法的重要性。研究利用单细胞和RNA测序数据，绘制了基因对细胞类型比例的影响，并确定了调控肿瘤微环境组成的基因。文章还介绍了该研究的背景、方法、结果和结论，并提供了相关的数据库资源。

关键观点总结

关键观点1: 研究重要性

该研究对于理解肿瘤发生和设计免疫疗法至关重要，尤其是绘制肿瘤微环境中细胞组成的遗传效应图谱。

关键观点2: 研究成果

研究人员鉴定了23种癌症类型的3494个免疫定量性状位点，并确定了调控肿瘤微环境组成的基因和功能特征。

关键观点3: 研究方法

研究利用单细胞和大量RNA测序数据，结合机器学习框架CIBERSORTx进行分析。

关键观点4: 数据库资源

建立了名为CancerImmunityQTL2的数据库，提供TME中遗传景观和调节基因的资源。

关键观点5: 研究展望

该研究为理解癌症病因学和免疫治疗提供了重要的参考，有助于将遗传知识转化为个性化治疗。

文章预览

编者按 破译 肿瘤微环境(TME)的组成对于理解肿瘤发生和设计免疫疗法至关重要。 2024年9月2日，武汉大学缪小平、田剑波共同通讯 在 Nature Immunology （IF=27.7） 在线发表题为 “ An atlas of genetic effects on cellular composition of the tumor microenvironment ” 的研究论文， 该研究绘制了 肿瘤微环境中细胞组成的遗传效应图谱。 利用单细胞和大量RNA测序数据绘制了基因对细胞类型比例的影响，研究人员从癌症基因组图谱中鉴定了23种癌症类型的3494个免疫定量性状位点(immunQTLs)。功能注释揭示了调控潜力，并进一步确定了1668个调控TME组成的基因。通过整合来自欧洲和中国结直肠癌(CRC)样本的数据构建了一个联合免疫QTLs图谱。在一项全基因组关联研究中，包含这些免疫QTLs和命中点的多基因风险评分在447,495名多种族个体的CRC风险分层中表现优于其他多基因风险评分。 通过 ………………………………