单细胞RNA速率极简教程 (2)：scVelo

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生信益站，一点就有益 ！ 祝友友们天天开心，月月发 CNS~ 设我为🌟星标，每天就能第一时间看到推送啦~ 引言 在本教程中，我将介绍如何使用 Python 包 scVelo 在单细胞 RNA 测序数据 (scRNA-seq) 中执行 RNA 速率分析。scVelo 于 2020 年在《自然生物技术》上发表，对原始 RNA 速度研究及其附带软件 velocyto 进行了多项改进。 简而言之， RNA 速率分析使我们能够使用转录动力学的数学模型推断 scRNA-seq 实验中未直接观察到的转录动力学。我们可以使用 RNA 速率来确定目标基因在给定的目标细胞群中是被诱导还是被抑制。此外，我们可以通过伪时间轨迹推断此信息以预测细胞命运决定。 本教程的大部分内容来自 scVelo 文档。 想系统学习单细胞，可以点击 👉👉👉 参加学习本站的《单细胞+空转+ATAC直播课》 。 步骤 0：将数据从 Seurat 转换为 Python/anndata 在本教程中 ………………………………