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Seurat不出图?可能是ggplot的锅!

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-08-20 22:55

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问题描述 今天在使用 Seurat 包跑数据的时候,画PCA图,tSNE图和UMAP无论如何也不出图报错如下 DimPlot(scRNA, group.by =  "orig.ident" , reduction =  "umap" , label =  T ) Error  in  Ops.data.frame(guide_loc, panel_loc) :  '=='  only defined  for  equally-sized data frames 问了gpt照着他的说法去做依旧没结果: 最后调用 DimPlot 函数时,代码中会出现错误。错误消息“== 仅针对相同大小的数据帧定义”表示两个数据帧的大小不同。DimPlot 函数用于可视化主成分分析 (PCA) 的结果,选项 group.by="orig.ident" 指示函数根据“orig.ident”元数据对数据进行分组。如果 scRNA Seurat 对象的元数据中缺少“orig.ident”字段,或者该字段中的行数与 scRNA 对象中的行数不匹配,则可能会发生此错误。为了解决这个问题,我建议您: 确认元数据中存在“orig.ident”字段。您可以使用 colnames(scRNA@meta.data) 打 ………………………………

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