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2024年9月,查尔斯河实验室CADD领域高级研究负责人David E. Clark等人在 Drug Discovery Today 上发表综述 Caught between a ROCK and a hard place: current challenges in structure-based drug design。 在这篇综述中, 作者以Rho相关蛋白激酶(ROCK)以及公共域结构和数据为例,说明了计算机辅助药物设计(CADD)科学家每天在工作中面临的一些挑战。 作者希望这将有助于避免对CADD所能完成的工作产生不切实际的期望,并让业界了解仍然面临的困难和问题。 在药物发现领域,尤其是基于结构的药物设计(Structure-Based Drug Design, SBDD)中,尽管我们拥有了比以往任何时候都更强大的工具和技术,但面临的挑战依然严峻。以下是对SBDD中面临的七大挑战的深入剖析,旨在全面揭示该领域的复杂性和不确定性。 挑战1:原材料 在2024年6月,蛋白质数据库(PDB)收录了37个人类ROCK1或ROCK2激酶的X
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