基因家族成员鉴定？一键快速完成！

文章预览

写在前面 一直以来，做基因家族分析都是一个难点。麻烦在于如何准确鉴定家族成员。方式无非两种： 基于序列BLAST 基于保守结构与 HMMER 不过这两类多少都有一些假阳性或者假阴性，尤其 HMMER。对于 BLAST ，可以做到又全又好，但是知道怎么干的人不多。操作起来也麻烦。会存在一些软件或者流程，可以做自动化鉴定，但具体表现未知。当然绝大多数是基于 HMMER 的。然而，做过基因结构注释校正的朋友就会清楚，其实HMMER方法筛选家族成员，存在天生缺陷。我个人喜欢用 BLAST 方法。费时费力，但结果往往不会漏掉一些成员。 最近呢，物种基因组越来越多，更多人做分析的时候，其实并不仅仅关注一个物种的家族成员，而是多个物种某个家族的成员，如何快速鉴定一个物种的一个家族所有成员，这就是问题。为此，我想了一个简单逻辑，基本可以 ………………………………