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T2Tvalidator插件 | 基于序列的 T2T 基因组着丝粒和端粒区域自动判断与可视化

生信石头  · 公众号  ·  · 2024-09-11 07:27

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写在前面 这个插件来自于去年的一个side-project。虽然因为已有老师发表了相似的工作而暂时放下了,整理而出的插件也仅包含了着丝粒的检测(因此命名为CentroLocate)。但是想了想,挖下的坑还是要填一下子 : ) 所以在此更新了一个版本,补全了对于端粒的检测,插件全新升级为完整版T2Tvalidator,欢迎各位下载试用~ 使用插件 从插件商店安装插件(跳转链接中下载 T2Tvalidator.plugin 文件,随后 install plugin)即可,随后打开插件。 使用方式很简单,下面以拟南芥T2T基因组为例。 运行结束会输出比较多的文件,在其中找到输出的图片文件(此处为Ath.pdf),即可看到: 可视化结果中展示了候选着丝粒区间(浅蓝色矩形区域)以及端粒区间(红色三角形标注位置)。结果文件夹中还有很多文本结果文件,如: Ath.fa.centromere.bed 着丝粒区间文件 Ath.fa.telomere.be ………………………………

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