单细胞RT-PCR表达量数据也可以差异分析

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最近搜集整理单细胞研究的时候，看到于2015年发表在nature杂志的文章是：Single-cell analysis reveals a stem-cell program in human metastatic breast cancer cells ，蛮有意思的，居然是 Single-cell multiplex qPCR 数据哦！ 研究者们首先通过流式预先把细胞分类，分成：basal/stem, luminal, and luminal progenitor cells这3群细胞，如下所示： 流式细胞分选 首先看了看3群细胞的不同病人的表达量差异情况，一般来说，做差异分析的话，组内差异肯定是要小于组间差异，不然就成为了强行找差异，如下所示，符合标准： 主成分分析看细胞亚群距离 分别是：B, basal/stem; LP, luminal progenitor; L, luminal 这3个组。 差异分析的热图就比较好理解了： 差异分析后的热图可视化 数据在GEO可以下载 Single-cell multiplex qPCR data are ………………………………