专栏名称: 生信随笔
NGS多组学在肿瘤中的应用,生信工程师的成长之旅。
今天看啥  ›  专栏  ›  生信随笔

代码分享|| 想学空间单细胞蛋白组学PhenoCycler(原CODEX)分析吗?那就来看这篇有超详细代码的Cell文献!

生信随笔  · 公众号  ·  · 2024-06-18 08:52
    

文章预览

本次分享的文献是一篇单细胞转录组+空间单细胞蛋白PhenoCycler组学的文献!!!之前一直比较关注空间单细胞蛋白组学,第一次遇到这种 带有非常详细代码 , 非常齐全数据 的文献!如果你对CODEX组学感兴趣就来看看吧!我们后面还对针对这篇文献进行复现学习~ unset unset 数据和代码 unset unset 单细胞 raw and process data 包括原始测序数据、count矩阵和带注释的Seurat对象、 NCBI GEO:  GSE253355 空间蛋白CODEX数据 : https://doi.org/10.25452/figshare.plus.c.7174914 包括正常骨髓图谱、AML、NSM样本、相应的细胞分割掩模和H 图像的全多路复用图像,以及包含每个细胞未归一化和归一化标记表达值的注释Seurat对象 交互式数据 : https://cscb.research.chop.edu/index.php/bm-data 代码: https://github.com/tanlabcode/spatial-bonemarrow-atlas 单纯的CODEX数据分析就整理的非常利索: image-20240612001344138 CODEX ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照
总结与预览地址:访问总结与预览