「学转录组入门生信」第二周来获取表达量矩阵

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我们第二周目标有四个: 整理数据RNA-seq格式 了解数据质控 数据比对 read定量 首先，我们得要知道我们在转录组分析过程中会遇到很多格式，建议先通过搜索查找了解这些格式是什么 fasta/fas/fa gtf/gff bed sam/bam csv/tsv/txt 接着，我们会在分析过程中时刻检查我们的数据质量，所以你要尝试回答下面这几个问题 数据质控要在哪个阶段做 不同阶段要看什么标准 质控有哪些软件 之后，我们要将我们的二代测序结果和参考基因组/转录组进行比对，建议将比对结果用IGV进行查看 转录组比对和基因组比对的区别 比对有哪些工具 什么要建立索引 比对结果中存放着每个read的位置信息，我们就可以根据位置信息来计算每个转录本的表达量 read定量有哪些工具 read定量分为哪几种水平 对 ………………………………