专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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高通量数据如何上传到GEO?

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2018-05-21 09:01
    

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本文有许多外链, 阅读原文 效果更加 前言 实验室最近有一批数据在发表文章之前需要上传到GEO Gene Expression Omnibus。 所以记录下上传数据的流程给大家借鉴。 准备 创建NCBI账号 登陆NCBI官网,右上角进行账号创建,会在注册邮箱收到两封确认邮件,点击链接进行确认即可。 登记GEO信息 在submitter这个网址的第二个CONTACT选项登记你的信息。登记结束后点击SAVE即可。PREVIEW可以查看你的录入信息。 因为我已经登记成功了,显示的是我的信息,所以这里就不截图了。 别点击NEW SUBMISSION了,不然就要重新录入一遍,别问我是怎么知道的 随后进入GEO页面,选择Submit to GEO。 因为上传的是二代测序数据,所以选择High-throughput sequence submissions GEO数据上传需要三类文件,很简单 ………………………………

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