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手把手教学|USFC Chimera X 的使用

实验老司机  · 公众号  ·  · 2024-10-29 07:00
    

主要观点总结

本文介绍了在结构生物学中常用的生物分子可视化软件USCF ChimeraX。包括软件介绍、下载方式、界面介绍、获取蛋白质晶体结构信息的方法以及打开文件的方法等。

关键观点总结

关键观点1: 软件介绍

USCF ChimeraX是一款用于分子可视化和分析的软件工具,广泛应用于生物化学、结构生物学等领域,提供了高分辨率的3D图形、多种文件格式支持、建模和分析工具以及脚本和编程接口等功能。

关键观点2: 下载与安装

读者可以前往UCSF ChimeraX官网下载适合自己电脑系统的版本,并进行安装。注意区分生产版本和每日构建版本,确保下载正确的程序。

关键观点3: 界面介绍与使用

介绍了ChimeraX的界面布局,包括工具栏、工作区等。提到小屏电脑打开时工具栏可能会隐藏,可以通过设置显示出来。

关键观点4: 获取蛋白质晶体结构信息

读者可以在PDB(蛋白质数据库)数据库中查找蛋白质的晶体结构。介绍了如何导航到相关网站、使用搜索字符串或输入蛋白质数据库标识来下载所需的PDB文件。

关键观点5: 打开蛋白质文件的方法

提供了两种打开蛋白质文件的方法:通过软件内的“open”按钮选择已下载的PDB文件,或在命令行中输入命令直接调用文件。


文章预览

在结构生物学中,往往需要可视化软件对生物分子和电子密度图进行拟合。本文将介绍在此过程中较为常用的一款免费软件:USFC Chimera/USFC ChimeraX。 一、软件介绍 ChimeraX 是一个用于分子可视化和分析的软件工具,它是 UCSF Chimera 的后续版本。UCSF Chimera 由美国加利福尼亚大学旧金山分校(University of California, San Francisco, UCSF)开发,是一个非常流行的开源软件,广泛应用于生物化学、结构生物学等领域。ChimeraX 在保留了Chimera原有功能的基础上进行了改进,并引入了新的特性和更现代化的用户界面。 ChimeraX 提供的功能包括但不限于: 高分辨率的3D图形 :支持高质量的渲染效果,可以用来创建科学出版物级别的图像。 多种文件格式支持 :能够读取多种生物大分子数据格式,如PDB(Protein Data Bank)等。 建模和分析工具 :提供了一系列用于结构比对、分子 ………………………………

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