T细胞状态打分R包应用于单细胞转录组数据

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之前我们介绍过 irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架 ，针对 17种常见的Functional Class Scoring (FCS)方法 在单细胞转录组里面进行了benchmark，感兴趣的可以仔细读一下。 我们首先了解一下打分工具的本质，首先是带有生物学功能意义的基因集合的数据库资源，其次是统计学公式。前者可以是免疫或者代谢等基因集，主要是来源于msigdb等数据库。后者统计学公式对大家来说最容易理解的就是gsea或者gsva啦。比如我前两天介绍的： 单细胞GSVA分析专用R包 今天我们分享一个工具 | TCellSI：首个全面评估T细胞状态的创新工具，是2024年6月21日，四川大学华西医院郭安源教授团队首次开发了一种能够系统地评估T细胞状态的新工具，TCellSI (T Cell State Identifier)。 系统地评估T细胞状态的新工具 目前准确评估T细胞的八种不同状态，这些状态包括： ● 静止 ………………………………