专栏名称: 生信技能树
生物信息学学习资料分析,常见数据格式及公共数据库资料分享。常见分析软件及流程,基因检测及癌症相关动态。
目录
相关文章推荐
今天看啥  ›  专栏  ›  生信技能树

monocle多样本拟时序分析

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-06-24 22:46

文章预览

前面已经是介绍了单个样品的单细胞转录组表达量矩阵的monocle分析,接下来分享一下多样品的时候如何注意个体差异因素。 rm(list = ls()) library(Seurat) library(monocle) library(dplyr) load("../monocle_one_sample/sce.all.Rdata") table(sce.all$celltype) # #  # #            B  B Activated    CD14 Mono    CD16 Mono CD4 Memory T  CD4 Naive T  # #          975          386         4355         1044         1762         2501  # #        CD8 T           DC           Mk           NK          pDC  T activated  # #          814          472          236          618          132          631 scRNA = subset(sce.all,idents = c("CD14 Mono","CD16 Mono")) table(scRNA$ celltype) # #  # # CD14 Mono CD16 Mono  # #      4355      104 ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照
总结与预览地址:访问总结与预览