Nature Methods | 精准基因比对新突破：Genes2Genes框架助力单细胞轨迹分析

文章预览

引言 单细胞测序技术（single-cell RNA sequencing, scRNA-seq）近年来在生物学研究中引起了广泛关注。它能够对单个细胞内的基因表达进行精确测量，从而揭示细胞群体在时间和空间维度上的动态变化。通过这些数据，研究人员可以推断出细胞状态的转变轨迹，这在研究细胞发育、分化、疾病进展以及药物响应等动态过程中具有重要意义。 传统的单细胞轨迹推断方法通常依赖于动态时间规整算法（Dynamic Time Warping, DTW），该方法能够比对两个时间序列并生成相应的匹配。然而，DTW算法存在多个局限性，尤其是对基因插入、删除（indels）等不匹配状态的处理有限，无法准确捕捉序列之间的差异。 此外，现有方法还假设每个时间点必须与查询序列中的某个时间点匹配，这进一步限制了其在复杂生物过程中应用的广泛性。 针对这些局限性，9月19日 Nature Methods 的 ………………………………