R tips：celltrek细胞共定位分析

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CellTrek 是一个空间分析工具包，可以做单细胞和空间的整合分析、空间细胞共定位和空间基因表达分析。 它的共定位分析可以找到空间上距离相互靠近的细胞，并以网络图的形式呈现。 官方教程中，共定位分析需要依赖整合单细胞和空间数据之后的celltrek对象，本文则只使用空间数据进行共定位分析。同时官方提供了一个shiny程序用于展示共定位网络结构，交互性很好，但是无法导出图片，本文则使用igraph从头绘制共定位网络图。 仍以10X的xenium breast官方数据为例，下载后解压。 读取数据，构造用于celltrek共定位分析的对象 # read xenium gene expression data xenium_expr    Read10X_h5 ( "Xenium_V1_FFPE_Human_Breast_IDC/cell_feature_matrix.h5" ) xenium    CreateSeuratObject (     xenium_expr$ `Gene Expression` ,     min . cells  =   10 ,     min . features  =   10    )   %>%    RenameCells ( add . cell ………………………………