文章复现学习 | ROS（5）GEO数据准备

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习复现《Oxidative Stress Response Biomarkers of Ovarian Cancer Based on Single-Cell and Bulk RNA Sequencing》（基于单细胞和Bulk转录组的卵巢癌氧化应激反应生物标志物）一文中的图，其中Oxidative Stress Response缩写为ROS。文章包含了芯片、转录组、单细胞等技术，适合用来复现及学习 五、GEO数据的准备 之后将要进行预后模型的构建，构建的时候没有使用GEO的数据，是在验证的时候才使用的，如图64文章给的图所示。所以在构建模型之前，先把GEO数据整理好 图64 按这个顺序处理是有原因的，假如构建模型时使用了基因A，但基因A在用来验证的数据集中不存在，那只能把基因A的表达量设置为0再计算结果，这会让模型计算结果大打折扣 所以构建常规模型时，如果需要跨数据使用， 要求每个数据集中都要有模型里的基因 。为 ………………………………