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空间转录组技术,作为一种能在组织切片上同步获取基因表达信息与空间位置信息的前沿技术,上期我们已阐述其发展历程和主要技术原理( 点击此处回顾 )。本期将深入探讨该技术是如何有效推进其全部执行步骤的,特别是针对冷冻包埋和石蜡包埋这两种常用的组织包埋方式,详细梳理其在空间转录组实验中的完整执行过程。整个流程涵盖样本准备、包埋、切片、组织优化(冷冻包埋特有)、建库、测序、分析等关键环节。 此外,空间转录组的实验又可以分为两大板块。组织学板块包含样品包埋、切片、固定、染色及成像,用于记录切片的形态学信息,即空间位置信息;组学板块则涉及 cDNA 的合成、扩增、接头连接和测序,旨在记录切片的转录本信息及空间位置信息。为便于理解,我们将按两种包埋方式详细介绍实验步骤。 一、冷冻包埋的全
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