使用MuSiC以及MuSiC2来根据单细胞转录组结果推断bulk转录组细胞比例

文章预览

肿瘤微环境（TME）大家都比较熟悉了，肿瘤周围的组织、免疫细胞、血管、细胞外基质等元素共同形成了“肿瘤微环境”。我们讲了很多工具可以推断bulk转录组的微环境组成，目录是： estimate的两个打分值本质上就是两个基因集的ssGSEA分析 针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行estimate 不同癌症内部按照estimate的两个打分值高低分组看蛋白编码基因表达量差异 使用CIBERSORT算法推断全部tcga样品的免疫细胞比例 这些工具都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析，也有几百篇类似的数据挖掘文章了，它们总是喜欢落脚到estimate或者CIBERSORT结果的预后意义。 虽然这些工具肿瘤微环境（TME）的思路是ok的，绝大部分的肿瘤相关的单细胞转录组研究我介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则 ，这个第一次分群规则是 ： ………………………………