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2024-12-01 BiorRxiv预印本速读【Biochemistry】

Biorxiv速览  · 公众号  ·  · 2024-12-02 22:29
    

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本文内容为生成式AI对文章进行总结后得到,版权归原文作者所有。总结内容可靠性无保障,请仔细鉴别并以原文为准。 Thermodynamic Parameter Estimation for Modified Oligonucleotides Using Molecular Dynamics Simulations Park, S. W.; Lee, J.; et.al., Moon Ki Kim* Sungkyunkwan University https://doi.org/10.1101/2024.11.29.626002 来自韩国成均馆大学的研究团队在这篇文章中,通过分子动力学(MD)模拟研究了1300种RNA/DNA杂交双链的 thermodynamic parameters,包括天然和化学修饰的形式。研究使用了分子力学 Poisson-Boltzmann 表面积(MMPBSA)和分子力学广义 Born 表面积(MMGBSA)方法来计算杂交焓和熵。为了解决与实验数据的差异,研究人员通过比较计算值与已知的天然杂交双链的实验结果,建立了经验关系,并将这些关系扩展到整个数据集。校正后的参数随后用于生成最邻近(NN)模型,从而允许进行实验可 ………………………………

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