GEO转录组差异分析

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本系列已学习如何进行TCGA转录组，GEO转录组也是相通的。本文以GSE210164为例，尝试GEO转录组的代码操作，其实关键还是在于数据的读取与整理 零、项目组织 简单了解GSE210164后，将项目文件夹命名为【2022-转录组-大鼠肝移植】，该文件夹如图1所示，由以下文件组成： 脚本与Rproj（红框）、下载的文件（蓝框）、GSE210164的文章、GSE210164的GEO界面 图1 从GEO官网下载GSE210164的文件，只解压“RAW”那份文件即可，得到如图2所示的6个压缩文件 图2 看来需要循环读取文件了，思路：先写好读取单个文件的代码，再编入循环读多个文件 一、读取和整理数据 表达矩阵 rm(list = ls()) # 项目命名 proj =  "GSE210164" # 1.读取和整理数据 ### 1.1 表达矩阵 # 先读取一个文件 a = read.delim( "GSE210164_RAW/GSM6422899_Lewis-Lewis-1.txt.gz" ) #先不加参数，看能不能读成功 如图2所示，直接 ………………………………