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单细胞亚群的命名的细致程度需要有一个度

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-06-18 23:27
    

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看到了首都医科大学的北京积水潭医院的一个2024的单细胞数据挖掘文章,标题是:《Single-cell RNA sequencing and transcriptomic analysis reveal the critical signatures involved in nonhealing diabetic foot ulcers》: The single-cell data file GSE165816, which includes a sample dataset of 22 DFU cases bulk表达量队列用来构建诊断模型:The training set consisted of the GSE134431 dataset, and the GSE143735 dataset was utilised as the testing set. Five key genes were identified: TXN , PHLD A2 , RPLP1 , M T1G , and SDC4 . 可以看到,这个时候已经是有了  M1 macrophages, natural killer T (NKT) cells, plasma cells 这样的单细胞亚群:   作者的第一层次降维聚类分群后的12个亚群被命名为10个生物学功能群: smooth muscle cells (SMCs), fibroblasts, endothelial cells, basalKera cells, M1 macrophages, natural killer T (NKT) cells, plasma cells, cycling cells, lymphatic endothelial cells, and mast cells 如果 ………………………………

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