单细胞转录组经典聚类算法：Louvain与Leiden

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了解算法的原理可以让我们用起来心里更踏实(而不是个黑匣子)、也能够明白算法的优劣、适用情况等信息，同时还可以启发我们后续的算法设计. 先前介绍过的单细胞转录组聚类算法大部分是基于深度学习的，而单细胞中最常用的 Louvain 算法还一直没有被介绍过. 为此，本文将详细介绍这类基于图数据的社区发现算法，包括Louvain、Louvain 后续的改进算法 Louvain with resolution 以及 Leiden. 相应的论文分别为： Fast unfolding of communities in large networks Laplacian Dynamics and Multiscale Modular Structure in Networks From Louvain to Leiden: guaranteeing well-connected communities 论文链接： https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1742-5468/2008/10/P10008 http://arxiv.org/pdf/0812.1770 https://arxiv.org/pdf/1810.08473 前言 各位读者好久不见！总算在前段时间忙完手头的事了，博士也申上了，毕业论文也写完了，可以继续 ………………………………