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导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Transcriptome Sequencing-Based Screening of Key Melatonin-Related Genes in Ischemic Stroke”,这篇文章发表在 Int J Mol Sci 期刊上,影响因子为4.9。 结果: 差异基因的鉴定 在这项研究中,两个微阵列数据集,GSE 16561和GSE 22255,合并和差异分析后,消除批量效应。通过选择p < 0.05和p < 0.05,在整合表达矩阵中鉴定了总共74个差异表达基因(DEG)。|log(FC)|> 0.5作为阈值。绘制这些差异基因的火山和热图(图1A-B),并用MT标记DEG用于分析,产生35个候选基因(图1C)。 标记基因的筛选 为了筛选中风签名基因,作者将先前获得的35个候选基因应用于三种常用的特征选择算法:SVM-RFE,RF和LASSO。通过使用LASSO回归分析筛选获得12个标签基因(图2A-B)。SVM鉴定了35个基因标记,准确度为0.864(图2C-D)。随后,使用随机森林方法通过重要性
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