使用命令版NCBI-Blast进行序列比对

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通常大家都会用NCBI-blast对引物或者核酸序列进行比对，但如果你有100，1000个或更多的序列需要进行比对时，就不可能一个一个粘贴进去操作了。 此时，就需要使用命令版进行比对了。 首先需要 下载NCBI-blast软件 ，软件包，singularity或conda https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ 这里，我选择 linux版本 ： 解压缩及设置路径： tar zxvpf ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz or gunzip -d ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz tar xvpf ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar #设置路径 export PATH=$PATH:$HOME/ncbi-blast-2.10.1+/bin 主要命令及功能： 验证安装： 基本BLAST有以下命令： blastn： 使用核苷酸查询搜索核苷酸数据库； blastp： 使用蛋白质查询搜索蛋白质数据库； blastx： 使用翻译核苷酸查询搜索蛋白质数据库； tblastn： 使用蛋白质查询搜索翻译核苷酸数据库； tblastx： 使用翻译核苷酸查询搜索翻 ………………………………