专栏名称: 生信钱同学
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大势所趋啊,现在的空间组学算法都开始纳入病理切片特征了,好方法越来越多了,很适合做几例

生信钱同学  · 公众号  ·  · 2024-08-27 07:00

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不设置🌟有时会收不到公众号内容,code一段时间后会失效,代码在 文末 感觉这类的算法见的越来越多了,大家都在不是在利用空间位置信息,就是在利用病理信息,不断的丰富空间组学。就像seurat其实连最基因的位置信息都没用到,所以有了临近域去增加了位置信息的使用率,像 Singhal, V., Chou, N., Lee, J.  et al.  BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis.  Nat Genet   56 , 431–441 (2024)。然后就是今天介绍的主题了,空间中增加病理切片的信息。 回忆几个我前几天翻了好久的帖子,比较有用: 从前天的Nature中,我学到了21 年 Cell开发的单细胞代谢状态的计算——一起学代码 现在病理与空间组学联系越来越紧密了,提前布局,这套AI代码早晚都要学 前段时间已经介绍过一篇类似的文章了👇,感兴趣的可以了解下。 He, S. ………………………………

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