利用GSVA包进行基因集变异分析（二）

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官网教程首页 包logo 官网教程地址：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GSVA/inst/doc/GSVA.html github地址：https://github.com/rcastelo/GSVA 五、Quantification of pathway activity in bulk microarray and RNA-seq data（基于两种转录组数据类型的通路活性打分） 这里我们演示如何通过GSVA在微阵列（即mRNA芯片数据）和RNA-seq数据中计算的通路活性定量打分。我们将使用来自同一生物样本的两种数据集。具体来说，使用来自HapMap个体的淋巴母细胞系（LCL）的基因表达数据，这些样本已经使用两种技术进行分析（Huang et al. 2007，Pickrell et al. 2010）。这些数据是 GSVAdata 实验包的一部分，相关的帮助页面包含了数据处理的详细信息。 我们首先加载这些数据，并验证它们确实是包含相同基因和样本的表达数据，具体如下： # 加载Biobase包 library (Biobase) # 加载commonPickrellHuang数据集 data(c ………………………………