专栏名称: 生信分析手册
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6+肠菌MR+单细胞的分析思路,来看这篇“孟德尔随机化”联合“单细胞”,再用分子对接收尾的佳作~简直爽的飞起!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-07-20 18:02

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Causal effects of gut microbiota on sepsis and sepsis-related death: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA, bulk RNA sequencing, and network pharmacology”,这篇文章发表在 J Transl Med 期刊上,影响因子为6.1。 结果: 孟德尔随机化 用作每个微生物分类组暴露的 IV 的遗传变异范围由 3 至 22 个 SNP 组成,F 统计量范围为 17 至 29,表明没有证据表明仪器偏差较弱。MR-PRESSO全局检验也没有提供多效性效应的证据(p > 0.05)。(附加文件 1:表 S1)。 根据 IVW MR 分析,作者确定了 11 个对主要结局(脓毒症)有因果影响的分类组。对于脓毒症的 28 天生存结局,10 个分类组显示出因果效应。关于脓毒症,作者发现Lentisphaeria类的丰度增加(比值比[OR],0.859;95%置信区间[CI]0.781-0.944;p = 0.002)、Coprococcus2属(OR,0.840;95% CI 0.725–0.974;p = 0.021 ………………………………

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