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上次分享的 GBmap 作者团队将其代码和数据同步上传： 代码 （python + R）： https://github.com/ccruizm/GBmap 数据 （core + extend）： https://zenodo.org/records/6962901 数据（用于复现部分结果） ： https://cellxgene.cziscience.com/collections/999f2a15-3d7e-440b-96ae-2c806799c08c 文中使用 core_GBmap 对外部数据集进行了注释，这部分用的是 seurat流程 。当前版本的Seurat（5.1.0）在Data Integration章节内专设一小节讲基于Seurat的RM，题为 Mapping and annotating query datasets ，我们直接使用作者的代码来mapping我们感兴趣的数据集（GSE174554，包含40个原发GBM样本及其配对的40个复发GBM样本的snRNAseq） 加载包 suppressPackageStartupMessages({ library(reticulate) library(ggplot2) library(scater) library(Seurat) library(dplyr) library(tidyr) library(purrr) library(rlog) library(tibble) library(stringr) library(dittoSeq) library(patchwork) library(HGNC
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