JCIM综述｜黄晶课题组：药物发现中的自由能计算

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2024年10月3日，西湖大学生 命科学学院黄晶课题组JCIM期刊发表综述 Alchemical Transformations and Beyond: Recent Advances and Real-World Applications of Free Energy Calculations in Drug Discovery， 回顾了炼金术自由能计算在药物发现中的最新进展和实际应用。 药物研发是一个漫长、昂贵且风险很大的过程，只有一小部分候选化合物能最终上市。因此，对更有效的筛选和优化潜在药物分子策略的需求日益增长。自由能扰动 (FEP) 方法理论上严谨，来推导两种状态之间的自由能差异，例如配体结合和未结合状态之间的自由能差异，其准确性主要取决于采样以及底层力场模型。目前越来越多的FEP计算被用于基于结构的药物设计(SBDD)。与分子动力学(MD)模拟在药物发现中的应用随着时间的推移稳步增长不同，FEP的应用经历了大约三次激增，副本交换方法的进步可能催化了MD和FEP从2003年左 ………………………………