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新秀mulea包能取代y叔的clusterProfiler包生物学功能富集分析吗?

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-12-14 23:29
    

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mulea R 包是一个全面的功能性富集分析工具,它提供了两种不同的方法: 对于非排序元素 ,如显著上、下调基因,mulea 采用基于集合的过表达分析(overrepresentation analysis 、ORA)。mulea 采用了一种渐进的经验假发现率(eFDR)方法,这种方法专门为相互关联的生物数据设计,以准确识别不同GO中的显著Term。 对于排序元素 ,例如按 p 值或差异表达分析计算的 log2FC 排序的基因,mulea 提供基因集富集(GSEA)方法。 mulea 超越了传统工具,通过整合广泛的本体论,包括基因本体论、通路、调控元件、基因组位置和蛋白质域,涵盖27个模型生物,覆盖来自16个数据库的22种本体论类型和各种标识符,结果在 ELTEbioinformatics/GMT_files_for_mulea GitHub 存储库和通过 muleaData ExperimentData Bioconductor 包中有879个文件可用。 网址: https://github.com/ELTEbioinformatics/mulea 功能富集分析 ………………………………

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