玩转服务器 — 运行Cell Ranger你必须知道的两个参数

主要观点总结

Cell Ranger是一款由10x Genomics开发的用于处理单细胞和空间转录组测序数据的软件，集成了从数据预处理到细胞聚类分析的一站式流程。但在共享服务器中运行可能占用过多资源影响他人使用，需要注意线程和内存设置。

关键观点总结

关键观点1: Cell Ranger软件介绍

Cell Ranger是由10x Genomics开发的高效数据分析软件，用于处理单细胞和空间转录组测序数据，集成了一站式流程，广泛应用于生命科学研究中。

关键观点2: Cell Ranger在共享服务器中的问题

在共享服务器中运行Cell Ranger如果不设置线程和内存参数，可能会占用过多资源，影响到其他用户的使用，甚至被系统监控kill掉任务。

关键观点3: 避免占用过多资源的建议

为了避免Cell Ranger占用过多公共资源，建议在运行任务时设置线程和内存参数。建议为每个样本设置4个线程和50G内存，以满足大部分样本的定量需求。

文章预览

滴水穿石 非一日之功 Cell Ranger Cell Ranger 是由 10x Genomics 开发的一款高效数据分析软件，用于处理单细胞和空间转录组测序数据。它集成了从测序数据预处理、比对、基因表达定量到细胞聚类分析的一站式流程，能够生成基因表达矩阵、细胞聚类结果及可视化图表。Cell Ranger 支持单细胞转录组（scRNA-seq）和免疫组库（TCR/BCR）等多种分析，广泛应用于生命科学研究中，是单细胞测序数据分析的核心工具。 关于cellranger的定量流程，前面已经多次分享了。参考： cellranger的定量流程合辑 非模式生物构建10x单细胞转录组CellRanger参考文件 CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件 在共享服务器运行会遇到的问题 由于我们之前都是在自己的服务器上运行，早期我们教程分享的代码是： $  cat run-cellranger.sh bin=/home/data/bylin/cellranger-6.1.2/bin/cellranger db=/home/data/byl ………………………………