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单细胞转录组代码(1)了解数据、读取数据

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-09-30 18:07

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习单细胞转录组所需的数据形式和读取数据的代码 零、准备工作 1.V5转V4 本系列使用的代码都是基于v4版本的 Seurat 和 SeuratObject ,如果你是最新下载则会默认下载v5版本,这会和本系列大多数代码不匹配,以下是v5版本转v4的方法: # 运行下面的卸载代码之前,一定要重启你的r语言或者rstudio,或者保证你的当前环境下没有加载 SeuratObject 和 Seurat remove.packages( "SeuratObject" ) remove.packages( "Seurat" ) # 4 download from URL packageurl "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz"  install.packages(packageurl, repos=NULL,  type = "source" ) packageurl "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz"  install.packages(packageurl, repos=NULL,  type = "source" ) 2.所需文件预览 图1中的三个文件,合三为一,才是 ………………………………

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