主要观点总结
文章主要介绍了生物信息学数据分析工程师宣传的转录组上游定量流程,包括转录组产品线的明码标价,以及从数据获取、比对、定量到表达矩阵生成的完整流程。具体流程包括使用conda安装软件、下载数据、使用aspera下载数据、使用Trim_galore去接头、使用Hisat2比对等步骤。最后提到了下游分析的小插曲,即样本不一定要按照编号排序。
关键观点总结
关键观点1: 转录组上游定量流程介绍
文章详细描述了从数据获取、比对、定量到表达矩阵生成的完整流程,包括各个步骤的具体操作和所需软件。
关键观点2: 软件安装和数据处理工具
文章提到了使用conda安装软件和aspera下载数据的方法,以及Trim_galore去接头和Hisat2比对等数据处理工具的使用。
关键观点3: 样本比对信息统计
文章介绍了样品比对信息统计的方法,包括总reads数、比对到参考基因组多个位置的reads数、比对率等的统计,并给出了样品比对信息统计表。
关键观点4: 定量和下游分析
文章提到了使用featureCounts对bam文件进行定量,使用multiqc进行定量结果质控,并生成表达量矩阵。最后提到了下游分析的小插曲,即样本排序不是按照编号进行的。
文章预览
网罗了一大波生物信息学数据分析方面的工程师,是时候官宣咱们的 业务列表 : 现在介绍只需要800元的转录组上游定量流程 转录组产品线还是蛮丰富的: 明码标价之转录组常规测序服务(仅需799每个样品) 明码标价之普通转录组上游分析 明码标价之转录组下游分析仅需800元 明码标价之转录组测序数据的可变剪切 明码标价之RNA-Seq数据的内含子保留分析 扫描下面二维码即可添加微信咨询! (添加好友务必备注 高校或者工作单位+姓名,方便后续认识) 如果是6~16个转录组样品的测序的fastq数据,需要比对到参考基因组并且定量,我们仅仅是收取一个计算机资源的费用,800元人民币即可,并且提供全套代码。不管是公共数据集还是你自己的实验测序数据,一样的费用!我们会代替你跑如下所示的流程: 安装自己的conda 每个用户独立操作,安装方法
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