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5+差异分析+糖酵解相关+预后模型,经典好用的生信分析思路!!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-06-27 18:00

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Prognostic Significance of Glycolysis-Related Genes in Lung Squamous Cell Carcinoma”,这篇文章发表在 Int J Mol Sci 期刊上,影响因子为5.6. 结果: 鉴定具有预后效应的差异表达基因 作者的研究共获得5676个差异表达基因(DEGs)。其中2288个基因上调,而3388个基因下调(图1A)。 预后模型构建 最终获得了109个与糖酵解相关的差异表达基因(DEGs)。在基于Lasso的降维处理后,得到了一个包含四个基因(AGL、ALDOA、ADH1B和ALDH3B1)的模型(图2A、B)。风险评分 = (-0.0045)× AGL + (0.0633)× ALDOA + (0.0048)× ADH1B + (0.0937)× ALDH3B1,其中lambda.min = 0.0523,KM曲线显示log-rank p < 0.01,表明高风险评分组和低风险评分组的生存时间存在显著差异(图2D)。该模型的ROC曲线在1年时的AUC为0.53,在3年时的AUC为0.62,在5年时的AUC为0.66,表明该风险模 ………………………………

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