主要观点总结
本文报道了药用大黄（R. officinale）染色体水平、单体型解析基因组的组装，并探讨了其基因组进化、基因拷贝数变异、基因调控和表达，尤其是参与代谢物生物合成、抗逆性和根系发育的基因的调控和表达。比较基因组学分析揭示了R. officinale代谢物生物合成和抗逆性的基因组和基因家族进化以及同源染色体的基因组特征。结合转录组和代谢组数据，探讨了药用大黄不同组织中蒽醌含量差异的遗传基础。该参考基因组和多组学数据为了解大黄的进化提供了见解，并为该属植物未来的遗传研究提供了支持。
关键观点总结
关键观点1: 药用大黄基因组组装和注释
本文报道了药用大黄染色体水平、单体型解析基因组的组装，并探讨了其基因组进化、基因拷贝数变异、基因调控和表达，尤其是参与代谢物生物合成、抗逆性和根系发育的基因的调控和表达。
关键观点2: 比较基因组学分析
揭示了R. officinale代谢物生物合成和抗逆性的基因组和基因家族进化以及同源染色体的基因组特征。
关键观点3: 转录组和代谢组分析
探讨了药用大黄不同组织中蒽醌含量差异的遗传基础，并发现参与蒽醌途径的基因显著扩增以及四倍体导致的基因数量增加，可能是大黄蒽醌含量高的原因之一。
关键观点4: 研究意义
该参考基因组和多组学数据为了解大黄的进化提供了见解，并为该属植物未来的遗传研究提供了支持，同时指导大黄的利用、改良和多倍体育种。
关键观点5: 转座元件的作用
转座元件对R. officinale的基因组进化、基因拷贝数变异以及代谢物生物合成、抗逆性和根系发育相关基因的调控和表达做出了重要贡献。
文章预览
The haplotype-resolved genome assembly of autotetraploid rhubarb Rheum officinale provides insights into its genome evolution and massive accumulation of anthraquinones Plant Commun. 2024 Jan 8;5(1):100677. doi: 10.1016/j.xplc.2023.100677. Epub 2023 Aug 26. 摘要 蓼科植物药用大黄是一种重要的药用植物，被广泛应用于传统中药中。在此，我们报告了一个 7.68 Gb 的大黄染色体组组装结果，其 N50 为 3.47 Mb ，被聚类为 44 条染色体，跨越 4 个同源组。比较基因组学分析表明，转座元件对其基因组进化、基因拷贝数变异、基因调控和表达，尤其是参与代谢物生物合成、抗逆性和根系发育的基因的调控和表达做出了重要贡献。 我们将 R. officinale 最近的自四倍体化时间定为 0.58 亿年～0.58 亿年，并分析了其同源染色体的基因组特征。虽然在整体表达水平上没有观察到显性单倍体基因组，但发现了许多
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