专栏名称: 生信钱同学
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R包安装困难?那就试试西湖大学的镜像;easyTCGA包一键出各种统计图 ,推荐大家去试试

生信钱同学  · 公众号  · 科技创业 科技自媒体  · 2024-07-07 07:30
    

主要观点总结

本文主要介绍了在R语言中方便下载R包的方法,特别是使用西湖大学镜像配置来安装Bioconductor和CRAN的R包。同时,文章还介绍了easyTCGA这个工具,它可以一键整理TCGA数据,并提供了其部分功能和使用方法。文章还强调了安装过程中可能会遇到的问题,如清华和北大的镜像有时无法成功安装,而西湖大学的镜像则安装成功。最后,文章分享了一些关于生信分析、代码学习、生物信息学等方面的关键词。

关键观点总结

关键观点1: 使用西湖大学镜像配置安装R包

文章中提到了在R语言中安装Bioconductor和CRAN的R包时,可以使用西湖大学的镜像配置来加快安装速度和提高成功率。

关键观点2: 介绍easyTCGA工具

文章介绍了easyTCGA这个工具,它主要用于一键整理TCGA数据,并提供了其部分功能和使用方法。

关键观点3: 生信分析和代码学习的重要性

文章强调了生信分析和代码学习在生物信息学领域的重要性,并分享了相关的学习资源和关键词。

关键观点4: 关键词分享

文章最后分享了一些关于生信分析、代码学习、生物信息学等方面的关键词,如生信分析思路、生信文章、TCGA数据库等。


文章预览

不设置🌟有时会收不到公众号内容,code一段时间后会失效,及时领取之前的代码 失效的代码后续有时间再更 今天主要学习西湖大学镜像配置,方便下载 R包,并着重学习下 easyTCGA 亮点 下面是 easyTCGA的主要功能介绍,功能强大,非常方便 easyTCGA大家应该都知道(代码👀:https://github.com/ayueme/easyTCGA),可以用来一键整理 TCGA数据,不仅他们封装个各种小功能,一键生存图,箱线图都很很方便。 不过需要提前安装一些包,在安装TCGAbiolinks时,我发现清华和北大的镜像都不行,就试了下西湖大学的镜像,一下子就装好了,清华大学的镜像有时候不好使,会安装失败,大家可以试试西湖大学这个: options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor") # 设置Bioconductor镜像,任选一个 options(BioC_mirror= "https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor" ) ##西湖大学 options(BioC_ ………………………………

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