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6+程序性死亡+预后模型+单细胞空转,预后模型搭配空间转录组发问技巧get到了!!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2025-02-19 18:00
    

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Multi‑omics identification of a novel signature for serous ovarian carcinoma in the context of 3P medicine and based on twelve programmed cell death patterns: a multi-cohort machine learning study”,这篇文章发表在 Mol Med 期刊上,影响因子为6。 结果: 工作流程和方法 工作流程如图1所示。对于训练队列,作者从TCGA中确定了340例SOC患者;对于验证队列,作者从GSE 26193中确定了79例患者,从GSE 63885中确定了70例患者,从GSE 140082中确定了276例患者。此外,作者从先前的报告(Tang et al. 2019; Zou et al. 2022)中收集了1254个PCD相关基因,以选择构建模型所需的基因。此外,作者对来自TCGA-GTEx的338例患者样本进行了基因突变分析,最终确定了779个差异表达的PCD相关基因。对于单细胞RNA转录数据集,作者分别从GSE 184880(Xu et al. 2022)和Ren et al.(Ren et al. 2022)的scRNA-seq ………………………………

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