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SCENIC也不香了?单细胞WGCNA(2)—转录因子调控网络分析~

生信益站  · 公众号  ·  · 2025-01-16 08:00
    

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生信益站,一点就有益 ! 祝友友们天天开心,月月发 CNS~ 设我为🌟星标,每天就能第一时间看到推送啦~ 单细胞 WGCNA(2)—— 转录因子调控网络分析 引言 本教程中, 将使用 hdWGCNA 演示转录因子 (TF) 调控网络分析 。 这是 除 hdWGCNA 中的标准共表达网络分析之外的 另一种网络分析类型 。 虽然 hdWGCNA 共表达网络是无向网络,我们没有关于哪些基因相互调控的明确信息,但 TF 调控网络利用 TF 结合基序信息来构建 TF 及其下游靶基因的有向网络。此处使用的一些分析和概念与其他方法类似, 但 hdWGCNA 中包含的这种 TF 调控网络分析是一种独特的方法,具有关键差异,例如使用元细胞 。在这里,使用人类前额叶皮质的数据集上演示了这种分析,但请记住, 必须针对不同物种适当修改这种分析 。 ❝ 重要提示:在运行本教程中的代码之前, 您必须首先使用 h ………………………………

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