bioRxiv｜微软研究院推出蛋白质平衡态构象生成的大模型

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2024年9月5日，微软研究院科学智能中心的Frank Noe团队在bioRxiv发布了预印本文章：Scalable emulation of protein equilibrium ensembles with generative deep learning。该工作推出了一个 蛋白质平衡态构象生成的大模型 。 在蛋白质序列和结构的革命性突破之后，如何可靠且高效地确定其功能仍然是一个未完全解决的问题。具体而言，包括以下几个方面：i. 不同的结构（“构象”）；ii. 与其他分子结合的不同配置；iii. 在特定温度、pH 值下的概率和速率。 虽然可以通过分子动力学（MD）模拟或实验测量来预测（i-iii），但是这些方法并不具备良好的扩展性。例如，对两个小蛋白质解离过程进行直接模拟的计算代价极高。这就是著名的采样问题，一个已经存在了70年的挑战。 该工作推出了大模型Biomolecular Emulator（BioEmu），其基于AlphaFold的evoformer蛋白质序列表示，并利用扩散 ………………………………