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Plant Communications 拟南芥单细胞文章,数据和代码都有

小明的数据分析笔记本  · 公众号  ·  · 2024-10-26 16:59
    

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https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590346224002864 论文 Single-cell network analysis reveals gene expression programs for Arabidopsis root development and metabolism 10× Genomics 我在网上找资料,这个单细胞测序技术会有三个fastq文件 这篇文章的原始测序数据我下载下来是两个文件 一个序列很短  另外一个序列90几bp 这里不太理解的地方: 所有细胞的数据全在一个fastq文件里,cell ranger去做比对,然后就能够得到行是基因,列是细胞的表达量矩阵,这个过程是是怎么判断哪个数据来源于哪个细胞的呢? 这个论文里提供了最终的表达量矩阵 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE147289 这个表达量矩阵的列的名字是一串序列,这个序列是用来区分细胞的index吗? 试着跑一下Seurat流程 论文中提供的代码 https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S2590346222000530-mmc9.txt 代码 library(tidyverse) ………………………………

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